Le drapeau a une symbolique républicaine et nationaliste. Le comité responsable de sa création, explique l'utilisation de la couleur verte par le fait que c'est la couleur de l'espoir, et qu'elle est associée à la révolte républicaine du 31 Janvier 1891. Selon cette même commission, le rouge est utilisé car c'est la couleur combative, chaude et virile par excellence. C'est la couleur de la conquête et du rire. Une couleur chantante, ardente, et joyeuse (...). Elle rappelle le sang et les appels à la victoire. Pendant l'Etat Nouveau (estado novo), l'idée s'est répandue que le vert représentait les forêts du Portugal et que le rouge représentait le sang de ceux qui sont morts pour l'indépendance de la nation. Les couleurs du drapeau, toutefois, peuvent être interprétées de différentes manières. La sphère armillaire représente le globe terrestre (symbole de l'histoire d'exploration maritime des grands découvreurs portugais).
Au centre, figurent les armoiries portugaises, superposées à une sphère armillaire. Celle-ci remplace la couronne qui figurait sur l'ancien drapeau monarchique et symbolise l'empire colonial portugais ainsi que les découvertes effectuées par le Portugal. Les cinq écus bleus sur l'écu blanc sont ceux de sa victoire sur les cinq rois Maures lors de la bataille d'Ourique en 1139 où il est proclamé roi. Ces cinq écus contiennent chacun cinq points blancs (cinq pièces de monnaie byzantine ou besants disposées en croix), qui se référent à une légende liée à la même bataille. L'histoire dit qu'avant la bataille d'Ourique (26 Juillet 1139), Afonso Henriques priait pour la protection des Portugais lorsqu' il eut une vision de Jésus sur la croix. Afonso Henriques remporta la bataille et représenta sur le drapeau de son père, (qui était jusqu'alors une croix bleue sur fond blanc) la stigmatisation en y apposant les cinq plaies du martyr en signe de gratitude envers le Christ, au nom duquel il avait vaincu ses ennemis.
On considère généralement que les sept châteaux représentent les victoires des portugais sur leurs ennemis et le Royaume de l'Algarve. Toutefois les châteaux ont été introduits dans les armoiries du Portugal par la montée au trône d'Alphonse III du Portugal. Le roi portugais ne pouvait pas utiliser les armes de son père, D. Afonso II, sans y introduire une différence, car il n'etait pas son fils aîné. Lorsqu'il accéda au trône, (en ayant déjà la qualité de roi) on considéra donc qu'il lui faudrait abandonner les armes qui avaient été utilisées par son père et son frère.
Le drapeau contenait à la base six besants blancs dans chacun des cinq écus bleus, représentant ainsi les 30 pièces (6x5) pour lesquelles Judas aurait livré Jésus Christ. On y trouve également les armes de l'État — les sept châteaux ou citadelles de l'expansion territoriale, reprises sous le règne d'Afonso Henriques au XIIe siècle, dont celle de Lisbonne.
En outre, le Portugal possède, tout comme la France, un coq pour emblème; il s'agit du galo de Barcelos le coq de Barcelos en français. Néanmoins celui-ci est traditionnellement représenté avec un plumage noir et une énorme crête rouge - on peut d'ailleurs trouver de petites poteries ou des tissus à son effigie dans le pays
